A sua colonização data do início do século XVII. Jaguaripe, cujo nome em tupi-guarani significa "Rio da Onça", surgiu durante a 3ª Governadoria Geral do Brasil - Mem de Sá - 1558-1572.Para que fosse facilitado o trabalho jesuíta (a conselho do padre Manoel da Nóbrega), instituiu-se a política de juntar várias aldeias de diferentes silvícolas em missões próximas às vilas (era o chamado "Descimento"). Este trabalho era dirigido por Jesuítas, que asseguravam a educação Cristã dos filhos da terra e os integravam à sociedade.
Com isto surgiu a missão da Ilha de Itaparica, em 1560 sob a inspiração de Santa Cruz, criada pelo Pe. Pedro Lírio da Grã. Entre 1560 e 1568 apareceu uma grande epidemia de varíola que dizimou grande parte do centro. Então, os jesuítas resolveram transferir a aldeia de Santa Cruz com os índios ainda sadios para Jaguaripe, ou seja, para o local situado a duas léguas da foz do rio (onde hoje se encontra a cidade), até que findasse a peste.
Neste tempo foi construída uma igrejinha, em torno da qual começaram a aparecer moradores que foram se fixando ali e formando o povoado que mais tarde se tornaria freguesia.
A doação de sesmarias que obrigavam os sesmeiros a cultivar a terra e construir engenhos influiu sobremaneira para o crescimento do povoado. A primeira beneficiária de sesmarias na região foi Ana Álvares, filha mais velha de Caramurú (sesmaria dada por Mem de Sá).
Inúmeras sesmarias foram doadas desde então e o povoado prosperou bastante até que em 1613, o bispo D. Constantino Barradas denominou-o freguesia Nossa Senhara da Ajuda de Jaguaripe, depois de insistentes pedidos do capelão de Santo Amaro de Catu (hoje, Jiribatuba - Itaparica), Pe. Baltazar Marinho, que se tornou seu primeiro vigário.
Por base na carta régia, em 22 de maio de 1693 a freguesia tornou-se vila - a primeira do Recôncavo - mas só foi instalada pelo governador-geral D. João de Lencastro em 15 de dezembro de 1697, sob o nome de Vila Nossa Senhora D'Ajuda de Jaguaripe.
A vila de Jaguaripe passou a ser a sede de uma vasta região, a qual mais tarde foi dividida pelas futuras vilas e cidades de Aratuípe, Nazaré, Maragojipe, Lage, São Miguel das Matas e Santo Antônio de Jesus.
________________________
Fonte: wikipedia
